《卫报》发表报道，对澳大利亚计划建造的核潜艇舰队产生的核废料处理问题表达担忧，认为这可能在未来成为严重问题，因为根据协议，澳大利亚对潜艇退役时产生的废物负全部责任。
依据AUKUS协议，澳大利亚将接收约八艘以高浓缩铀为燃料的核动力潜艇，此举旨在让潜艇在计划使用寿命内无需补充燃料、延长服役时间。然而，这种铀通常被视为“军用级”，理论上可用于生产核弹头。
关于废料数量，澳大利亚政府通过信息自由法发布的文件显示，每个反应堆舱室及其组件“大约相当于一辆四轮驱动车的大小”，通常被归类为中放射性废料，虽危险但更易屏蔽和储存;乏核燃料“大约相当于一辆小型掀背车的大小”，往往包含高放射性废料，其放射性会在数十万年内保持稳定，但具体数量处于官方保密状态。
这类燃料产生的废料具有高放射性，退役后会残留数千年，被称为高放射性废料(HLW)，需要安全可靠的储存，以保护环境和防止潜在盗窃及用于核武器。相比之下，核电设施产生的绝大多数废物是低放废物(LLW)或中放废物(ILW)，包括土壤、碎石、废金属等，通常可轻松处理和储存，只需装在装满水泥的特殊桶或箱子中，安全存放在地面即可。而真正令人担忧的高放射性废料体积小，却会产生大量热量和辐射，需主动冷却和屏蔽数十年甚至永久。
根据条约，澳大利亚必须承担核废料的储存、安全和最终处置责任，且不能出口这些废物。批评者指出，在环境风险和该国政治周期时间框架方面存在严重不匹配，政治决策周期为4 - 5年，而核废料危害会持续数十万年，这是在“把问题推给子孙后代”。此外，任何有关核废料的讨论都带有强烈政治色彩，由于公众和原住民反对，澳大利亚已多次未能建立低放射性废料处理设施。
目前，AUKUS的废物处理地点尚未确定，成本也未核算，政府未来规划模糊。并且，英国和美国等其他国家也尚未真正找到解决其现有和退役核动力海军资产问题的永久方案。
