专家组根据会前亲自到高海拔宇宙线观测站现场检查的情况，对四川嘉盛裕环保技术有限公司编制的《高海拔宇宙线观测站环保验收报告》进行审议。审议的范围包括生态保护及恢复措施、大气环境保护措施、声环境保护措施、固体废物环境保护措施。
专家组审议后得出验收结论如下：中国科学院高海拔宇宙线观测站工程执行了环境影响评价制度和环境保护“三同时”制度。工程在建设和建成调试以来，建设单位和施工单位采取了较为有效的生态保护和污染防治措施，各项环境质量指标基本满足相关要求，对周边敏感目标未产生明显影响，建议通过竣工环境保护验收。
高海拔宇宙线观测站地处海子山国家自然保护区的实验区，项目自2017年正式开工以来，严格按照国家对环保的要求执行，尽一切可能减少施工对环境的扰动。施工单位的临时项目部均安排在地方配套项目留下的临建区域，最大限度控制临建的占地面积。在施工过程中，创造性地制订了一套绿色施工程序：先取草皮、定点码放并进行养护、收集腐殖层集中堆放，之后才开挖施工，局部施工结束立即回敷腐殖土和草皮，进行植被恢复。并从2016年配套工程开工起，就始终坚持执行这一行之有效的做法。这些环保措施，将大面积地下探测器阵列建设带来的环境冲击控制在最低水平，成为当地高海拔地区绿色施工的典范，多次受到当地政府的赞誉。地下缪子探测器阵列的建设大大增加了地表面积，绿化面积远超原始植被面积，因此高海拔宇宙线观测站项目组对环保的实际投资额度也大大超过了初步设计概算中的环保措施费用额度，确保生态恢复的效果和环境保护的正面提升作用。高海拔宇宙线观测站的相关环保意识、环保措施得到了专家组的充分肯定。按要求，运行期将继续开展植被恢复效果监测，并编制针对观测基地的环境影响后评价报告，提交环境保护部备案，接受环境保护主管部门的监督检查。
